萨迦南寺始建于1268年，是八思巴赴大都前，命令本钦释迦桑布组织施工创建的，后经本钦贡噶桑布接替主持修建，最终完成萨迦寺的全面建筑规模。

　　14世纪初，元朝开始衰落，卫藏地区新的教派和封建集团崛起，萨迦派失去了中央政权的支持，教派内部互相争权，内江叠起，许多贵族割据地方，不受约束，昆氏家族遂分裂成“细脱拉章”、“拉康拉章”、“仁钦岗拉章”、“都却拉章”。每个拉章管有部分土地和属民，统一的局面破坏了，前三个拉章渐次绝嗣。都却拉章贡噶仁钦、白玛顿堆旺久兄弟二人，为争夺法王王位互不相让，又分别建立“平措颇章”和“卓玛颇章”，由两个颇章轮流担任法王。

　　 在第22代住持阿旺贡噶仁钦幼年时，正值昆氏家族势力处于最衰弱的时期，萨迦地区被拉宗巴侵占，阿旺贡噶仁钦出走桑耶，主持了桑耶寺的全面修复，竭力联络萨迦派原有弟子，广收门徒，授萨迦道果法，声名大著。他18岁时得到江孜、仁布两大法王的推崇和帮助，一举打败了拉宗巴，重新恢复了昆氏家族在萨迦地区的统治地位，此后，又致力于萨迦寺的全面修复，对重振萨迦教派和复兴萨迦王朝，献出了毕生的精力，其建树仅次于萨迦五祖，享有一代密宗大师之誉称。

　　1349年，帕竹政权取代萨迦政权。萨迦政权失势后，仍保持其独立地方政权的形式，继续保持法王称号，法王宝座血统仍世代相承。

　　二、两种制度下的萨迦寺管理

　　（一）政治体制的管理方式

　　13世纪中叶，在萨迦贡噶坚赞、八思巴的策应协助下，西藏结束了长达400年分裂割据的状态。1253年，元世祖忽必烈拜八思巴为“帝师”。1260年，忽必烈称帝，授八思巴为“国师”，兼管总制院。不久，八思巴奉旨创造了蒙古新字，元世祖命授八思巴为”皇天之下，大地之上，宣文辅治，大圣至德，普觉真智，佑国如意大宝法王，西天佛子，大元帝师”，把西藏地方政权交给八思巴掌管。从此正式建立了政教合
一制度下的西藏萨迦地方政权。

　　14世纪初，帕木竹巴万户先后战胜止贡巴、雅桑巴和蔡巴等万户，乘萨迦派内讧叠起之机，推翻萨迦政权，建立了帕竹政权，由强曲坚赞任第一代法王。在他执政期间，废除万户制，创建宗谿制，下辖13大宗，委派宗本、谿本，加强统治措施。萨迦政权失势后，还仍维持一个独立政权的形式，继续保持着法王的称号，拥有广大的土地和人民，但由于所属贵族们的叛乱和内部纷争，势力不断削弱。

　　17世纪初，藏巴汗推翻帕竹政权，建立了藏巴地方政府，在此期间，萨迦的地位已趋衰落。

　　1642年，五世达赖凭藉固始汗的兵力推翻藏巴政权，建立噶丹颇章政权。1751年，新成立了西藏噶厦，下设基巧（spyi-khyab）与宗政府两级机构，于日喀则设立基巧，萨迦被夺去了一些土地和属民，统治范围仅余下萨迦周围地区，且与其他贵族一样，对地方政府承担各项差役，在政权上亦属地方政府管辖。然而，萨迦仍保留了一些特权，如噶厦不直接派官员统治此地，法王仍是该地区的最高统治者，萨迦尚有
完整的政权机构和僧俗官制系统。

　　无论是在萨迦政权时期，还是在帕竹政权时期，或在噶丹颇章政权时期，萨迦寺的管理始终没有脱离政教合一体制下形成的管理模式。

　　在萨迦政权建立初期，最高首领是八思巴，八思巴以后是历任帝师或萨迦达钦管理。

　　历代帝师均由元中央政府册封。八思巴为元中央政府册封的第一位帝师，“帝师作为皇帝在宗教上的老师，同时也是皇室在精神上的支柱，又是全国佛教僧人的领袖和西藏地方政教合一政权的首领，所以其地位是极其崇高的”。元朝先后有14任帝师。

　　萨迦达钦，亦称萨迦赤钦或萨迦法王。达钦均为萨迦“昆”氏人。萨迦政权虽几经更选，但其政教机构基本上实行以达钦为首的政教制度。在萨迦政权时期，当帝师住在大都时，萨迦政权就由达钦负责。14世纪初，萨迦内部分成四个拉章，从此，达钦兄弟轮流执掌政教大权。后来除都却拉章外，其余三个拉章断嗣，萨迦政权由都却拉章继承。19世纪，都却拉章又分为两家，萨迦政权分别由平措颇章和卓玛颇章两家轮流出任达钦一职。在噶丹颇章政权时期，达钦的产生，是在萨迦行政官员萨迦佐巴的主持下，经僧俗官员大会讨论选举，并呈报达赖喇嘛批准，赴拉萨朝拜达赖喇嘛返回萨迦后方可举行坐床仪式。达钦的地位在全藏所有呼图克图之首。来拉萨时，按惯例坐红黄色轿子。达钦任命萨迦教务的负责人堪布和政务负责人佐巴。到1959年萨迦达钦已传82代。现在的萨迦达钦生活在美国。

　　在帝师和达钦之下，最重要的行政官员是萨迦本钦。萨迦本钦由帝师提名推荐，报请皇帝批准后任命。据《红史》、《汉藏史集》记载，在整个元代，担任过萨迦本钦的共24人，其中有的人重任，共计27任。担任本钦官职者，有的兼任元朝的乌思藏宣慰司宣慰使，有的在担任本钦之前或之后出任元朝的宣政院或宣慰司的官职。萨迦本钦的职责包括协助清查和统计各万户的户口，并将清查的结果登记造册，征收差税，征集各万户军兵镇压反叛，审理各万户的纠纷案件，服侍萨迦派的首领，为萨迦派兴建佛殿，建造佛像、佛塔等。

　　在本钦之下有萨迦囊钦一职。囊钦是元代萨迦派地方政权的内政官，主要管理萨迦派内部行政事务。萨迦囊钦有的兼任元朝的司徒、都元帅的官职，受到敕封。据《汉藏史集》统计，萨迦囊钦共有28人，加上二人连任，共计30任。在萨迦本钦和囊钦之下设有万户长、千户长、宗本等级别不同的官员。

　　为了便于行使政教管辖权力，八思巴时期，创设了一个叫做“拉章”的机构。拉章由13种侍从官员组成，即为藏文史料所说之“十三勒参”（las- tshan- bcu- gsum ）。这些职位分别是索本（gsol，管理钦食）、森本（gzim，管理衣服、起居侍从）、却本（mchod，管理宗教仪式）、皆本（vjal，管理接见招待）、仲译（yig，管理文书档案等事务）、佐本（mdzod，管理财务）、塔本（thab，管理厨房）、真本（vdren，负责帐篷）、丹本（gdan，负责坐垫）、迦本（skya，管理房屋）、达本（rta，管理乘骑）、左本（mdzo，侍卫官）、其本（khyi，信使官）。

　　随着萨迦政权的兴衰，其政教机构也略有变动。至近代，萨迦政府机构分孜、雪（rtse-shod）两部分。“孜”属教务机构，是“达钦（bdag-chen）的侍从机构，其人员有经师（yongs-vdzin）、孜强佐一人，索本、森本（gsol-gzim-mchod）一人，措准（shogs-mgron，）一人、喇曼巴（bla-sman-pa，私人医生）一人、真本（vdren-dpon）一人、轿官（phebs-vgo）一人、侍卫一人、茶官一人等。”以上官员需调换时，佐巴禀报达钦，批准任命。平措颇章和卓玛颇章，在某一颇章不执掌政务时，也可设置索本、森本、却本等一整套侍从人员。孜强佐负责的这一机构是八思巴时期所设“拉章”机构的延续。