一是离教判教。梁启超曾把近代研究佛学的人士分为两类：“哲学的研究”与“宗教的信仰”。章太炎显然属于前者。他认为“佛法的高处，……只是发明真如的见解，必要实证真如；发明如来藏的见解，必要实证如来藏。与其称为宗教，不如称为‘哲学之实证者’”。所以佛学“分明是求智的意思，断不是要立一个宗教，劝人信仰”（注：章太炎：《论佛法与宗教、哲学以及现实之关系》，《中国哲学》第六辑。）。这是他对世俗佛教的真正态度。但是他的“新佛教”又毕竟是以传统佛教的话语出现的，创意、发挥虽多，而误读、偏离佛典原义亦不少。如禅宗本于“真如源起说”，法相唯识宗本于“阿赖耶识源起说”，两者并不属于同一思想体系，但章太炎看中了禅宗直截行事的能力与法相宗接近近代学术方式的缜密思维，便尽力揉合二者，断言“法相、禅宗，本非异趣……至于自贵其心，不依他力，其术可用于艰难危急之时，则一也”。“故仆以为相宗，禅宗，其为惟心一也”（注：章太炎：《答铁争》，均见《全集》（四），第369—370页。）。章太炎的这些高论妙语一经出台，便招致佛门内外的非议与责难，并且争诉持久不断，批判的火力主要来自两个方面，一是像梁漱溟、熊十力这些基本上与章同属一条战线的教外人士，他们主要从学术的严谨性上对“真如”哲学提出批评，如梁漱溟在20年代初《究元决疑论》第3 版时就指出《建立宗教论》“尤多错误杜撰之处”。熊十力在晚年的《体用说》中也指责章太炎于法相宗“全不通晓、只摭拾若干妙语而玩味之”。再一是以杨仁山为代表的恪守门户之见的教中人士，他们认为章太炎“混乱正法”，无异于旁门左道。以上的这些批评、指责，虽然出发点不尽相同，甚至是来自相反阵营，但他们显然都或多或少偏离了章太炎创立学说的本意，无疑也影响了其学说在思想界的传播与被认同。
　　 二是不合时宜。19世纪末、20世纪初的中国社会处于一个重行动、轻理论，重破坏、轻建设的时代，革命党人迫切需要的是具体的、直观的战斗号角，而不是抽象的、内在的道德弦音。章太炎当时也尽力想把这种深奥、晦涩的价值体系与现实如火如荼的革命斗争联系起来，如他把佛教“一切众生，皆是平等”的教义解释成“佛教最恨君权”，“照佛教说，逐满复汉，正是份内的事”。由此断言：“提倡佛教，为社会道德上起见，固是最要；为我们革命军的道德上起见，亦是最要”（注：章太炎：《东京留学生欢迎会演说录》，《民报》第六号。）。但是这样的道德说教远不及他的《驳康有为论革命书》来得畅快人心、鼓舞民气。所以，当章太炎在《民报》上发表了《建立宗教论》等一系列文章后，同盟会内绝大多数人士都大惑不解，甚至指责他把一份革命机关报办成了“佛学之机关报”，引起轩然大波，在一定程度上加剧了同盟会内部的分裂。即便有少数人，能够理解章太炎创建“真如”哲学的深意，但对其可行性也深表疑虑。章太炎对这些怀疑之词虽作了辩驳，但收效甚微。因此，章太炎这一套带有超越性的哲学理论与辛亥革命之前的中国社会主潮确实有些不合拍，“只能成为他个人孤芳自赏的催眠剂”（注：肖萐父等主编《中国哲学史》下卷，北京：人民出版社，1983，第429页。）。
　　 三是自身矛盾。一种理论的可行性最终取决于它自身的科学性，如果说上述两点是“真如”哲学在当时发生不了实际影响的外因，那么“真如”哲学自身不够圆满则是根本的内因。孤立地看，“真如”体系是能够通过认识主体的唯识作用自我运转的，但若把它置于章太炎“俱分进化”的历史观中加以考察，破绽就显现出来了。章太炎认为人类社会的进程是个“善亦进化，恶亦进化”的复合过程，依照这种逻辑推论，他得出一个难定悲喜的结论：“进化之实不可非，而进化之用不可取。”（注：章太炎：《俱分进化论》，《全集》（四），第387页。 ）这种历史观出于对机械的社会进化学说的怀疑，颇具忧患意识，值得肯定。但是善恶种子既然与身俱来，并行于世，不可终绝，那么人类追寻一个善恶混杂的终极价值还有什么意义呢？如何扬善弃恶，至臻完满呢？由此仅靠体悟“真如”是无能为力的，再如唯识活动实际上是一种实践活动，离开了社会实践，“真如”就仅仅是个空中楼阁；偏离了社会实践，“真如”也不能运转如常。辛亥革命以前，章太炎从推翻专制政体，进行“排满”革命的实践需要中建立起带有革命性的“真如”哲学。而辛亥革命以后，纵观他的全部政治实践活动，诚如鲁迅先生所言的，是“既离民众，渐入颓唐”。所以，失去了实践依托的“真如”哲学也渐渐被章太炎自行放弃，难怪他晚年自己承认这种超人超国的佛学“宜暂时搁置”，“今日宜格外阐扬者，曰以儒兼侠”。这种由革命到保守，由超越到回归的思想历程是章太炎个人的悲剧，也是整个中国近代思想史上的悲剧。