于是大会较顺利地通过了仁山的提议，推举太虚与仁山全权负责接收金山寺作为佛教协进会会所，并积极准备筹建佛教大学。太虚则认为经寂山他们一闹，会场先后秩序已乱，难以再进行其他各项工作，于是依据会章规定，推举了一些具体办事职员后便宣布散会。当天晚上，仁山便带领二十多个同学进入金山寺，划定了协进会办公房屋。第二天凌晨便开始办公，他们派人进入库房，查点寺产帐薄，同时宣布佛教大学开学。一切工作都似乎还顺利。
　　但太虚觉得仁山他们尽管在金山搞得声势挺大，却隐隐有些不安；何况这对稳定基础，全面推进佛教改革也不起太大作用。因而太虚将镇江诸事务一概交付仁山主持，自己则回到南京，准备佛教改革的全局谋划。谁知守旧势力并不甘心他们在协进会成立大会上的失败，暂时避居寺外的青权、霜亭等人一方面登报抗议，一方面上诉镇江军政府，企图推翻大会决议，收回寺产。在青权等人的大肆活动下，报界舆论及官府态度已开始对佛教协进会不利。
　　太虚、仁山等人见此情形，正欲想法换回影响，然而事情却突然起了变化。几天后的一个深夜，霜亭率领不明真相的几十个工友，趁黑打进设在金山寺的佛教协进会会所，将猝不有防的仁山等人打成重伤，企图用武力阻止协进会工作的进行。
　　事件发生后，仁山等人向法院提起诉讼。在舆论的一致谴责下，经过一个多月的审判，金山寺打人事件的主要责任者青权、霜亭等人分别被判处几个或几个月的监禁。尽管打人者终于得到惩处，但经过这一场风波，佛教协进会的会务及金山寺日常事务都被迫中止，而举办佛教大学的计划也胎死腹中。不久，南北议和，政府颁布大赦令，青权等人亦被释放，并重回金山寺担任住持等职。佛教协进会无形中已宣告结束，太虚第一步佛教改革实践也以失败告终。
　　“大闹金山”事件，在当时佛教界引起极大震动，它是太虚将自己的佛教改革设想付诸实践的初步尝试，也是对日益衰落的传统佛教势力的挑战。多年以来，太虚一直对僧众的萎靡顽固不学无术感到愤怒，而想用金刚怒目、霹雳轰顶之精神，震醒大多数人之耳目，以促使更多人投入到新佛教的建设中去。而金山改革终以失败告终，这也说明在当时情况下，中国佛教改革的主客观条件尚未完全成熟。就主体而言，一些寺庙长老因循守旧，顾私利而轻公益，而绝大多数僧尼素质低下，没有文化。有新知识的青年僧人在金山改革发动时充其量只占僧尼总数的四千分之一，致使改革难以在佛教界引起广泛呼应。从社会力量来看，然而其发动者及主持者大多别有用心。社会各界，尤其是占人口绝大多数的农民对佛教改革不是漠不关心，就是良莠莫辨，导致其缺乏广泛的群众基础。此外，作为这场改革运动的策划与领导者的太虚、仁山等还年轻，虽豪气逼人，却缺乏必要的经验和斗争策略，言论未免过于偏激，行动则太过轻率散乱，改革失败似乎在所难免。这也在革种程序上揭示出此时的太虚无论其个人威望，还是处世经验，尚不足以独立承担改革大业。然而无论如何，这一事件在当时社会尤其佛教界内，引起了极大反响。其主要领导人太虚的名声，也因此得以传开，社会各界也因此对所仅24岁的青年僧人太虚开始瞩目。

霹雳轰顶的策略已失败。尽管出师不利，太虚依然不屈不挠。1913年，在深受全国佛教界拥戴的领袖人物敬安追蛋会上，他仗着敬安对自己的载培，公然把“佛教革命”构思和盘托出，希望收到哀兵必胜这效。不料，这一着更加惊世骇俗！

　　民国初年，由于大力推动行民主政治，一时间，各种政团组织纷纷涌现，使佛教界大受鼓舞。为了推进佛教复兴，维护佛教权益，全国性佛教组织纷纷建立，除了太虚的佛教协进会外，尚有谢无量发起的佛教大同会，李政纲、桂伯华、欧阳渐等七人发起的“佛教会”，北京僧人发起的中央佛教会等。大同会曾经派人与太虚接洽，但不久即宣告解散。而“佛教会”在刚成立时，到处散发布告、会章，以及孙中山先生给他们的信函等，大造声势。到发布第二期文告时，即大事斥责僧尼，企图一举摧毁旧佛教而另建李政纲等的“新佛教”，不久便受到全国僧尼的大力抨击，被迫收敛起来。
　　在这其中，影响较大的则是于1912年4月由敬安等人筹建的中华佛教总会。敬安得知太虚等人为组建佛教协进会而大闹金山时，对佛教新进的卤莽行为极为不满，同时也对太虚等颇多指责，如年轻人逞一时之兴，意气用事之类。不过，为了改变各地佛教组织散乱无章的情形，敬安也意识到建立一个对全国佛教发展起到领导作用，维护佛教权益的组织的必要，便于上海开始组建中华佛教总会。为此，敬安将太虚召到上海，告诉他自己准备联合十七布政司旧辖地僧众，筹创中华佛教总会，而将各省县原有的僧教育改设为分部或支部，使其成为一全国性组织。因此要太虚停止佛教协进会的工作，共同来办佛教总会。原协进会的成员也可并入总会。
　　4月1日，拟参加佛教总人会的各方在上海留云寺开筹备会，参加会议的除了敬安、太虚外，尚有谛闲、铁岩、圆瑛及陆军部代表王虚亭等百余人，然而会议的主题却是帮助陆军部筹集军饷，以请求临时政府保护佛教。太虚对此大不以为然，他认为政府百姓保护僧寺，乃政府不可推卸的当然责任，而僧众捐献军粮，亦是百姓之应尽义务。政府不应以保护僧寺为名要求僧人筹集军饷，而僧人也无须用捐献献策来请求政府庇护。太虚的观点得到绍兴开元寺铁岩的拥护，两人为此结成好友。由于佛教协进会已失败，而佛教总会的做法与自己理想又相去甚远，所以太虚对其暂置不问。不久，因僧俗朋友的邀请，他又去江、浙、沪一带四处漫游。
　　春暮的时候，太虚到宁波接待寺，拜访了已成为该寺住持的盟兄圆瑛法师，并且与佛门诗友会泉、豁宣等时相往来。这年秋天，应绍兴铁岩法师的邀请又去开元寺住了几个月。铁岩曾在辛亥革命时组织僧军参加浙江光复之役而名声大震，在佛教总会开会时因与太虚志趣相投而成至交，此番盛情邀请太虚作客绍兴。逗留绍兴期限间，在铁岩的的陪伴下，太虚不仅畅游了绍兴的名胜古迹，更结识了不少的新朋友，如杨一放、王子余、王芝如、陈诵洛等人，并时常撰写一些宣传普及教育、民主政治等的文章发表在《绍兴公报》上。第二年，太虚曾二赴绍兴，与杨一放，王子余等坐船泛游石屋。在1914年春，太虚应杨一放，王子余等人邀请再到绍兴，住在徐社，专门为《禹城新闻》写稿，并在他们陪同下，遍游兰亭，禹陵、南镇等绍兴名胜。而铁岩则在1916年参加反袁斗争时被人杀害于杭州。这证明了佛教革命与辛亥革命同命运。其时太虚适在普陀闭关静修，于外界的胜风血雨已不能像以前那样随时作出反应了。