尽管整理僧伽制度的设想可以说失败了，但太虚当年创立的人间佛教理论体系，经过印顺的推进和赵朴初的重新阐述，至20世纪80年代终于成为海峡两岸佛教各宗派公认的主导思想，指引着中国佛教迈向21世纪。（参见拙文《人间佛教理论的建构动作》）
　　
　　　　　　
　　　理想的僧教育难以实行，不等于就不能继续试验。稍有间断后，太虚又在厦门闽南佛学院、重庆汉藏教理院对近代佛教教育进行了新探索，提出了新构想。　
　　
　　作为僧制革新的奠基工程，太虚的培育一代新僧的构想在武院遭挫，在苏州建立佛教大学的计划又落空。，他不得不另谋出路，如弘法海外以及继续建构人间佛教理论体系。不料1927年3月，随着国民革命军推进各地，河南佛教遭冯玉祥极大摧残，南方各省占侵夺庙产现象也极为普遍。福建厦门南普陀寺僧众深感恐慌，因释常惺的推荐，一致公举太虚为住持。兼闽南佛学院院长。
　　闽院成立于1925年，系由释广津、瑞征建议南普陀寺前往持转逢、当时住持会泉创办。公推释常惺为院长，只招收学僧，分为专修、普通两部，学制受到武院落的很大影响。由于学僧的文化程度参差不齐，后增设小学部。1926年小学部移往漳州南山寺，即南山佛化学校。这样的学制可以说基础不错，与太虚1923年提出的改造武院设想接近。太虚接管闽院，不妨说喜出望外，因为可以据此进一步试验自己的办学构想。南普陀寺为厦门首刹，风景优美，香火称盛（附照）。本为子孙制寺院，1924年受佛教革新运动影响，改为十方丛林选贤制。闽院办学经费由南普陀寺独立承担。太虚既任该寺住持，就不会像武院那样受到院董事会成员的很大牵制。太虚与南普陀也有前缘。1926年10月，他弘法南洋归国，途经厦门，受到以释会泉、转逢、常惺为首的僧众的盛大欢迎。，他还曾在南普陀寺会晤鲁迅等，鲁迅对太虚的印象是“和易近人，思想通泰。”厦门各界对太虚也有很好的印象。所以，太虚到闽院来施展抱负，除了政局动荡，学僧情况还了不解外，应当说诸缘具足。
　　为此，太虚初到闽院就集中精力办院务，并亲自为师生讲《行为学与唯根论及唯身论》。后又有《行为学与心理学》、《再论心理学与行为学》、《候尔特意识学与佛学》三文发表。所谓唯根论，意出《楞严经》；唯身论即指梁代范缜的神灭论。太虚认为西方行为主义心理学与佛教禅学有很多近似之处，但许多问题还没有说到点子上。他在闽院讲这些是要求一代新僧都来关注现代科技文化的发展，强调佛学必须对此作出适当的回应，这对佛教的未来至关重要。同年9月，太虚在闽院主持了新学年的开学典礼。随后，又为师生讲《救僧运动》。当时，庙产兴学又一轮高潮正式在发动，各地寺院岌岌可危。太虚讲救僧，一方面是希望僧人自立自强，如不能就回俗。另一方面对新僧侣提出了具体要求：真修实证，献身利群，博学深究。在此之前，太虚曾拱《僧制今论》，对《整理僧伽制度论》中不适应形势的内容作了修正，强调僧人应革除或改良“经忏”，自食其力。《僧运动》实际上是该文提出的思路的深化，而且更富建建设性。因为即使僧众自食其力，最多也只能维持佛教的存在。佛教革新成功的关键在于培养造就一批高素质的僧伽，以住持佛教。那么，新僧应如何对待原有的僧人呢？太虚指出，他们应以持戒、忍辱、苦行为本，深入偏于厌世出世自了的山林修行的僧众中去，开发他们为佛法为众生的悲愿；深入偏于极端世俗化的贪图安逸享受的僧众中去，唤起他们求戒求学的愧心。对丧失信仰、丧失上进心者，应“宽许”他们还俗。所谓“宽许”，实指中国社会由于长期宗法还俗者的歧视。这种歧视在民间强烈又根深蒂固，以至不少人宁愿在僧伽中混日子，也不肯回俗。《救僧运动》以及后来发表的《告徒众书》言语中，寄托着太虚对一代新僧的期望，对闽院的期望。
　　1928年春，太虚因患神经痛回沪治疗。这是太虚后来脑溢备的先兆。而原先安排好主持教务的释蕙庭因事回江苏刚返院，释会泉则去了漳州南山寺。并非太虚主持招收的前一批学僧对太虚的主张有不同意见，而是一批学僧中因受社会上大中学校闹学潮风波的影响使思想混乱的隐患陡然爆发，蕙庭措手不及，遂酿成学潮。太虚在杭州养病闻讯，乃授意派弟子大醒、芝峰先后去闽院处理。是年7月，南普陀寺刊发了《闽南佛学院续招学僧简章》，明确规定以太虚的一向主张“造成佛教住持僧宝，弘法利生为宗旨”；闽院落添招了心道、默如、戒德、又信、竺摩、等慈等学僧30名，其中不少人继承发展了太虚开创的事业；又增设了丰富的课程，仅佛学就有18门，文化课程有国文、外语、数学、历史、地理、科学概论、哲学、世界宗教、教育学、艺术等十余类近50门；还创办了主张佛教革新的学报《现代僧伽》，图书馆、阅报室等设施亦渐齐备。在太虚悉心指点下，经过大醒、芝峰等的整顿，闽院落教育逐步恢复了稳定发展。，至1929年4月底，太虚经弘法欧美归来，视野大为拓展。年底回到闽院，对师生倍加勉励。不久，他把闽院列为世界佛学苑华日文系，改漳州南山佛化学校为闽院分院，设赴锡兰留团于此，作为将来建立世界佛学苑巴利文系的准备。这时学校的面貌已根本改观，成为太虚中期佛教革新的基地。而且由于闽院声誉远播，学僧人数猛增至90名，来自全国十余省市。各地求学者还络绎不断致使院方不得不婉言谢绝。由于学风改善，学生成绩也大进。1930年春，太虚鉴于不少成绩优异，决定让他们提前毕业，并从中选拔10人，为之专设研究部，由芝峰督导深造，主要研究《成唯识论》等。以后又根据学僧志愿，将研究课题分为五个系列（方向），即法相唯识、法性般若、小乘俱舍、中国佛学、融通应用，让学僧分别研习。自此到1933年初太虚任满，他对闽院关怀备至。每次到院，总是细心检查、审阅研究部学员的研究成果，有错误则加以更正和批评。同时谆谆教诲一般学员，有机会都要详细询问其志愿及履历，鼓励他们认真学习，以现代僧伽的道德标准要求自己。
　　更为重要的是，通过国外考察，太虚的佛教教育与僧制革新思想都有了极大提升。他抛弃了幻想，重新把主要精力投入国内，当时即中国佛学会、中国佛教会的组织建设以及闽院的教育管理。他也借鉴了国外基督考教神学教育与牧师培养的一些做法，设计了较《僧制今论》、《救僧运动》大为改进的整个佛教革新方案。这些新设想，太虚对闽院落师生都作了详细的讲解。
　　首先，太虚全面阐发了他的佛教教育思想。他认为，学僧的求学态度必须端正，求学目的必须明确。他要求学僧明确：发扬佛法真谛，适应现代社会，建设新中国的奠基于人间的僧伽制度，是佛教教育的基本目标。为达此目标，学僧既要对佛教本身有深切的认识和信仰，也要对现代世界潮流的状况，新思潮的地位、价值有深刻的了解和体验。这样，才能站在佛法的立场上观察社会，适应社会。毕业以后，才可担当大事业，包括佛教教育文化、组织、慈善、社会公益诸项。在校则要以深沉的毅力读书求知，生活要劳动化、群众化。（《中国现时学僧应取之态度》）他认为，僧教育与一般教育不同之处在于它建立在律仪之上。僧与俗的区别全在于律仪，律仪的内核是慈悲、坚忍、勤勇、智慧诸德行，其表现为纪律和威仪。有律仪，个人前后一贯，群众彼此和合，行动整齐，态度严肃，外貌庄重。依律仪而行，可以改造身心，变化气质，构成僧伽之品格。他号召学僧们，如果你们有志使中国死气沉沉的僧伽们复活，通过济世利人，使佛法普施民众，造成人间安乐净土，那么，你们就应从重视和履行律仪做起！（《僧教育要建立在律仪之上》）他强调，学僧为学的重心在于佛学。认真地修心佛学，把精神集中在研究和修学佛法上，同时兼习文化课程，才不会丢失佛学的宗旨。如果把佛学的宗旨作一简要的概括，那就是窨的自利利他。其基础是正见、正信、正戒、正念、正定、正业——利生为事业，弘法是家务。闽南佛学院的学生要把闽院的精神推广到社会，使佛教革新的思想变为人间净土的现实。（《佛学的宗旨和目的》、（《学僧修学纲宗》）太虚在正面阐述自己的佛教教育思想的同时，还批评了当时一哄而起的各地佛教教育的一般做法。他认为那些做法不过是传统的师徒式的僧教育挂上个佛学院、大学的招牌，学来学去不过是学个讲经的仪式。他指出，现代学僧必须要学能实行佛法，重建佛教，昌明佛法的学问和技能；还要养成勤劳的体格和习惯过清苦淡泊的生活。（《现代僧教育的危机与佛教的前途》）