第二，太虚结合国外考察的收获，对以往传统佛教弊病批评、僧制改革、人生佛教建设的思路作了清理，把这些内容都整合成一套方案。他认为，人为文化可依基督教、伊斯兰教、佛教三大线索分别进行研究，再“将三大系的文化，熔冶在一炉”，铸成“全人类瑰玮灿烂的新文化”。（《佛学在今后人世之意义》）佛教文化则可依北传（汉语系，以中国内地为中心，再由中国流传朝鲜、日本、越南等国）、南传（巴利语系，以锡兰为中心，再由锡兰流传缅甸、泰国及东南亚）、藏传（藏语系，以西藏为中心，再由西藏流传西北、蒙古、东北等地及尼泊尔）三大线索分别进行研究。（《佛教的教史教法和今后的建设》）他认为，佛教僧侣也可分为学僧、职僧、德僧三级。学僧须经“律仪院”二年，“普通教理院”四年，“高等教理”二年，“参学处”二年的学习参访，方可取得职僧资格，担任寺院住持和重要职事。由职僧中公推出的德行已具、学修皆备的德僧则可主持全国佛教。（《建设现代中国僧制大纲》）他认为，中国佛教必须革除自古以来帝王将相利用神道设教的迷信，必须革除宗法制的子孙财产继承制度。必须把隐居修行、独善其身改进为精进修习，化导社会；把荐死超生、奉鬼求神改为自食其力，服务人群。当前应依孙中山的三民主义，建设由人乘而进菩萨乘的人生佛教；由人生佛教建设中国僧制；进而收新化旧，建设普济人生的佛教团体组织制度；最后由人生佛教影响社会，十善伦理普及，形成淳厚的民风国俗，建成人间净土。（《佛教革新方案》）这里有两点应说明：一是所谓依三民主义建设云云，又称三佛（佛僧、佛化、佛国）主义。这不过是太虚牵强附会应进的手段，人生佛教并非此时提出，其内容与其说受三民主义影响，毋宁说受社会主义、无政府主义的影响更多。二是人生佛教思想萌芽时，太虚只把它作为僧制改革的补充（参见《人乘正法论》）。至此，太虚已把它既作为僧制改革的出发点，又作为其归结。不过，整套方案主要供闽院师生讨论，虽然比《整理僧伽制度论》、《僧制今论》切实，但当时并无实行的条件。太虚在闽院还讲了《瑜伽师地论·真实义品》、《弥勒经》、《大乘本生心地观经》、《西洋哲学与印度哲学概观》等。太虚在闽院讲的这些，无论其广度还是其深度，都远远超过在武院所讲，可见他对闽院师生期望之深切。
　　1933年初，太虚连任两届南普陀寺住持兼闽院院长任满。于是辞职，经该寺僧众与闽院教职员工讨论，常惺接任。闽院以后虽然还坚持办了数年，但因一批教职员和研究生相继随太虚离去，从此盛况不再。
　　1924年以后，太虚对武院的教务虽冷淡，但武院董事会仍极力挽留，他迫不得已再次受任武院院长职。迄1926年底，武院以北伐战争影响被迫暂时停办前，太虚每年总要去武院两次，处理一些院务并讲学，唯不常驻。1928年2月，武院董事会改组，积极追随太虚的王森甫被推为董事长。翌年10月，太虚出访欧美归来后，曾在武院小住。因学校驻军未撤，教学也无法全面恢复，仅为研究生讲了《大乘宗地图》等。1932年根据太虚设想，武院被改组成世界佛学苑图书馆，但仍开设研究生预习班，对外两度招生，太虚仍多次过往讲学。直至1938年武汉沦陷，武院也被迫停办。1930年9月，北平柏林教理院成立，依太虚设想，该院即世界佛学苑英文系，太虚弟子法舫、尘空等系其中坚。太虚也曾前往讲学。可惜因1931年“九·一八”事变的影响，该院于同年12月就被迫停办。
　　幸好，去年太虚弘化四川时，曾与重庆备界名人谈起过他关于设立世界佛学苑华藏文系的设想，并建议就在四川设立学校，招收汉藏僧青年施教，不必远赴康、藏。此议获潘仲三、何北衡等多人赞同。何北衡还提出，即以当时已衰废不堪的重庆北碚缙云寺为校址。众人都说好。于是当即发起筹备设立汉藏教理院。1932年8月20日，世界佛学苑汉藏教理院正式开学，太虚任院长。他亲自乘飞机赴重庆主持开学典礼，制订院训：“澹宁明敏”。其时他于闽院的任期将满，却在四川新建了实现他的世界佛学的苑构想，也是佛教革新的基地，欣快可知。远望缙云山秀丽的景色，近看整修一新的校舍，不禁诗兴涌来：
　　　　　温泉辟幽径，斜上缙云山。
　　　　　岩谷喧飞瀑，松杉展笑颜。

　　　
　　　　　汉经融藏典，教理叩禅关。
　　　　　佛地无余障，人天自往还。
　　汉藏教理院由于所在地理位置的优越，就在抗战时期的陪都重庆，又高踞缙云山，可避开日机轰炸。因而在中华民族和中国佛教最困难的时候，还给了太虚最大的慰藉。当然汉院的建设发展也并非一帆风顺。当初师资的配备就离太虚的初衷很远，主要是缺乏谙熟藏传佛教，精通藏文经典的人才。太虚故而驰书召唤赴藏学法的其弟子法尊回内地。1934年6月，法尊自西藏归来至宁波面见太虚。此前汉院内部已不和，具体主持教务的释遍能对人际关系的处理也不够妥当。太虚即遣法尊从速入川，主持院务。法尊后又获太虚弟子法舫、尘空相助，在太虚的指导下，协同整理院规，筹划教务，终于使汉院教学走上稳定发展的轨道。1937年“七七·七”事变标志着全面抗战爆发。太虚没有像圆瑛那样留恋江浙法缘，而几乎不费踌躇地经武汉至重庆，他因为他有汉院可依靠。9月初，太虚就上了缙云山，为汉院师生讲了《佛理要略》、《汉藏教理融会谈》、《大乘法门之三种异门表》。是年冬，汉院学生为抗战需要，接受了政府指定的军事防护训练。太虚对学生讲《复兴佛教僧侣应受军训》。在这段时间里，他还形诸文字对自己的前半生作了又一次反思，即《我的佛教革命失败史》，其中心在总结教训，启导后继。他沉痛地反思了个人性情气质方面的弱点：轻忽散漫，理论有余而实行不足；深刻认识到屡次失败的根源在于成功实现中国佛教现代化的条件（境遇）尚未具备，但后人不能因此仅仅消极等待、盼望而要吸取教训，克服弱点，以坚定强毅的精神统率佛教革新的全局，发扬理论特长，创造条件，深思熟虑，劳苦力行，“必可建立适应现代中国之佛教的学理和制度”。他表示今后仍将尽力于一贯的志向，只是身心早衰，难孕众望……急切希冀找到佛教革新事业接法人的心绪溢于言表。
　　1937年12月1日，西藏政教领袖，藏传佛教（格鲁派）大师、九世班禅·额尔德尼曲吉尼玛圆寂于青海玉树结古寺。为加强民族团结，国民政府于1938年3月8日至10日，在汉藏教理院设追荐法会汉经坛，太虚主坛，戴季陶主荐。戴氏借机建议太虚，培养复兴中国佛教的根本僧才可以从建设一个模范道场做起。这种说法，无非是儒家修身齐家治国平天下滥调的套用。虽然也有其从小事做起的长处，但当时无疑跟太虚从大处着手的思路背道而驰。太虚不便当面反驳，然而随即在汉院讲《中国的僧教育应怎样》，对此作出了回答。大意为：他已身心俱衰，不可能再去做建设模范道场的实际准备工作或充当其领导，而且他本人也没有受过此种培养教育。言外之意，他比较擅长的是理论准备和启导。本此，太虚从这年春天开始至1941年秋，时断时续地在汉院讲人间佛教的理论基石之一《真现实论》，可惜仍未讲完而辍。但他1940年5月访问南亚、东南亚归来，提出以建立菩萨学处为中心的僧制改革新构想。这无疑受到戴氏及南传佛教的启发。同年6—8月，太虚曾对汉院师生谈其访问南亚感触，其中沉痛的一点就是中国佛教名为大乘，实行的却是小乘自了。过去反南传佛教贬为小乘，但其实行的却是大乘普度。他认为，中国佛教应学习南传佛教的优长，实践今菩萨行，亦即继承古代大乘菩萨悲悯人的精神，依大乘教理，面向国家民族、世界人类，踏实地去体验修学。这种菩萨精神的实行也有不同于古代之处，那就是要适应今时、今地、今人的需要，故名今菩萨行。所谓菩萨，就是发大悲愿（起菩提心）救世度众生者，与民俗佛教误认的偶像有很大的偏差。因而任何人只要他一发心愿，都可以成菩萨乃至成佛（觉悟者）。做个现代菩萨要养成高尚的道德和品格，学习精博的佛学和科学知识，致力世俗各种职业。如出家的僧尼还可参文化界、教育界、慈善界等工作，在家佛教徒则从政、从军、从事实业、金融、劳动服务都行。总之，使国家社会民众得到佛教之益就是今菩萨行。（《从民利语系佛教说到今菩萨行》）倡导今菩萨行需要有个基地，太虚把它称为菩萨学处。他构想中的菩萨学处把未出家的佛教徒依对佛教的了解和信仰程度分为“结缘三归”、“正认三归”、“五戒信众”三类，五戒信众中的一部分人发菩提心，受菩萨戒，即为在家菩萨。另一部分人可转入出家阶段，经与《建设现代中国僧制大纲》有联系的12年僧教育，便成出家菩萨，其中又有法理菩萨和德行菩萨之分。这里，除了菩萨名称确有依据并有新意之外，其余名目上的更换徒增歧分，没有什么意义。太虚真意在通过菩萨学处这一模范道场，统摄僧尼与一般佛教徒，分别把他们组织起来。其中既设佛学院（出家菩萨养成所），训练僧才；又设短期僧伽训练班，使一般僧尼也能学谋生和利益众生的技能；另设居士训练班、一般信众训练班等，以提高佛教徒素质，广摄才才。（《我的佛教改进运动略史》、《菩萨学处简章》）至于从《整理僧伽制度论》到《僧制今论》、《建设现代僧制大纲》、《菩萨学处简章》，太虚一路把住持中国佛教的僧数自80万减至20万，乃至住持一模范道场所需之人。这并不表明太虚革新僧制的根本思想动摇，只是其思路由偏重僧众演变为兼重信众，由重量转为重质罢了。由此认为太虚的根本思想错了，连他自己也不能信守，因此只能回到中国传统或印度传统去，实属皮相之论。