1946年，太虚已经58岁，老友爱徒相继丧亡，有利佛教革新的和平环境如海市蜃楼，转瞬即逝。但太虚决不甘心，还要作最后一搏。

　　太虚晚年难以忘怀的大事还有如何理顺政教关系。依太虚的看法，他的改革设想是不错的。其所以失败的原因主要是外部环境的不利和个人性格上的弱点，政教关系的失调便是不利的外部环境中的重要一项。既然在教内改革无法突破，那么不妨从改变外部环境着手，抗战后期的宪政运动和抗战胜利初年的民主运动给了他在这方面作最后一次努力的机会。
　　1940年5月，太虚在答学僧妙钦等问的时候表示，在现代社会，政教分离是适当的，僧伽对各党派应保持超然的地位。这是分析太虚政治观点的前提，离开这一前提，对太虚政治观点的任何解释，都难免片面。
　　1946年1月，国民党、共产党及各民主党派、无党派人士参加的政治协商会议在重庆召开。太虚作《知识青年僧的出路》，表达了参与政治的倾向。他从一生经历中真切体会到，中国的国家社会，常常的陷在贪官污吏、土豪劣绅的操纵中。从乡村以至都市，充满着这类人。任何出发点不坏的政策，不通过他们不能实行；通过他们去实施则完全变了质。这里太虚触及了整个中国社会腐败的根源，即官僚政治与宗法势力相互勾结，狼狈为奸。在佛教界，他们或“鱼肉僧寺”即侵吞寺院地立财产，或把持寺院，把佛寺变成他们的家庙，僧仍成为他们追荐亡灵仪式的主持人，败坏了佛教的社会形像，也使佛教革新受到极大阻碍。
　　太虚表示，若要中国能够好起来，必须由全国人民，包括各党各派、知识界、企业界以及“贫苦劳动工农”觉悟起来，联合起来，警惕着贪官污吏，土豪劣绅的毒害，把他们作为革命对象，根治附于国民背上的这个肿瘤。他劝有文化的青年僧人对腐败的官吏劣绅及他们豢养的“寺僧”的享乐生活不要羡慕也不必惊奇。他号召知识青年僧人认清这些革命对象，加入民主联合阵线。从这里，人们又可以看到太虚青年时代提倡“佛教革命”的影子。他要求知识青年僧人加入的所谓“公正的知识分子、产业分子和贫苦劳农联合阵线”即指政协会议代表的爱国民主联合阵线。太虚与全国人民一样，对重庆政协会议的成功，寄予极大的希望。他希望会议能组织合政府，革新派政治，肃清贪官污吏、土豪劣绅。“待土劣贪恶一经肃清，现代佛教也随着现代国家社会而涌现！”
　　在抗战胜利后，原有各党派强加活动，新党派如民主建国会、民主促进会等纷纷组建的背景下，太虚也广泛征求他结交的遍及各党派、各界人士意见，进行联络，在多种场合表示，佛教也需要建立一个政治性组织，以代表佛教界的立场，在民意机构和立法机关中维护佛教利益。
　　1946年5月，中国上空的内战乌云已经浓重地堆积起来，太虚对此极为担心，对国民党政府对沦陷区的接收政策也表示了不满。（《太虚大师谈政治》，载上海《文汇报》1946年5月8日）国民党所谓“接收”实质上是对被敌伪强迫征用的私产和被随意指为敌产的私产进行“劫收”，与侵吞庙产如出一辙。但太虚不很明白或者明白了而在当时不能公开地讲，所谓贪官污吏、土豪劣绅操纵政治完全是高度集权的独裁定政府必然产物。从外部条件讲，孙中山领导下一度富有生气的国民党从1927年开始掌握了全国政权以后完全变了质。以蒋介石为代表的国民党主流派镇压了共产党，排斥了党内左派后就处于无人能代表人民进行监督的专权地位，而没有分权与外部监督制约的专权就为大规模的贪污腐化提供了充分的可能。从高度集权的独裁政权的内在本质来讲，高度集权就意味着下级唯有向上级负责，什么为国家、为人民都是欺人耳目。升官发财只须拍好上司，政绩、战绩都可编造，信仰、道德、人格都可不要。由于国民党政权滥发纸币，恶性通货膨胀使一般官员的工资收入的实际购买力降到只有战前的十分之一，（参见《剑桥中华民国史》下卷。671页）这就使搜刮贪污形成了风气。搜刮就要靠土豪劣绅，土豪劣绅也要靠官府势力才能横行；贪污则主要以国民党党营资本或借接收日伪财产为名侵吞仅营资本作为来源。尽管国民党政权表面上也惩治了个别贪官，但独裁政权之下为避免被惩治，只须行贿，拍好上司就行了。为了行贿，贪污搜刮就更变要加厉。所以，国民党政府对沦陷区的接收政策与贪污遍地，土豪劣绅猖獗实出一源。当时，国民党政府为了给它的独裁政权，给它挑动的内战制造合法性，召开所谓“国民大会”的筹备依然在进行。对此，太虚也深入作了考虑，总结民国以来政教关系反复的教训，老是靠请愿、请托熟人来维护佛教利益是不行的！太虚最敬重的师长寄禅（敬安法师）因此而亡，太虚自己也为此几乎到了要自我杀的地步。佛教界必须有代表参与国家宗教法令、政策的制订，必须正政府，特别是宗教管理部门有正式的沟通渠道。这才是长久之计。在当时，太虚认为“国民大会”的召开是一个机会，也许通过选举，佛教界可以从此在国家最高权力机关中能有正式代表。不了推动佛教界参与选举，太虚于同年7月，创立了近代中国佛教界的第一个政治组织——觉群社及其机关刊物《觉群》周刊，提出“议政而不干治”新论点。太虚说，青年佛教徒大多怂恿他建立佛教政党，参与政治。长老们有的缄默，大多数反对。他自己则迟疑不决：假如完全不参与政治吧，佛教遇到执政党和社会反宗教运动的摧残，就无法有效抵御。如果积极参与政治活动，特别是组织政党，为保护佛教界权益和执政党站在一起，那么也容易随着执政党的倒台使佛教受到损害。这时，全面内战刚刚爆发，国民党军队正气焰嚣张，太虚却似已看到了国民党倒台的可能。总之，参政与否，两者利弊参半。怎样趋利避在呢？太虚说，他从孙中山的五权分位，尤其是政权、治权分立的学说中受到启发。按孙中山的学说，政权即是人民主权，佛教徒作为人民的一部分，应当参政议政，参与决定国家的大下方针。治权是各届与各级政府的事，佛教徒不应干涉。换言之，佛教徒特别是僧伽所参与的政治，仅至各级“议事场所”为止，可以作议员或人民代表，但决不能做官。后来他对“块然”写的《对议政而不干治的我见》所作的批示中更明确的说：“僧侣参政不参治”，也就是议政不当政、执政的意思。本此，太虚本人参加了预定于1946年11月召开的“国民大会”代表的竞选活动。然而国民党政府操纵的选举本是骗局。太虚虽经当时中国天主教主教于斌的的提名作为宗教界代表，却被主张弘扬儒学的国民党要人陈立夫从候选人名单上划去。久已在旁等看笑话的佛教守旧势力以及主张庙产兴学的变种们顿时兴高采烈，“交际和尚”、“出风头和尚”、“政治和尚”的帽子一顶顶向太虚飞来，有的甚至引经据典要求太虚还俗。这类人身攻击激起了佛教界有识之士的愤慨，越朴初挺身而出，义正辞严：“今日中国的佛教，是没有人权可言的。以一个没有人权保障的佛教，而要求它担当起宏法利生，护国救民的事业，这是戏论。所谓‘自度度他’，必须从当前迫害欺侮下，自己度脱出来，才能度脱众生。因此，当前佛教人民的任务，应当是为佛教的人权而奋斗。太虚大师一生的努力，正是如此。他的办佛学院，办佛教会，整理僧伽制度，倡导人生佛教，乃至最后有意参政，无非是为了这个目的。”（转引自文杰《太虚大师在重庆》）社会上有良知的人们也向太虚伸出援手，文学家卢冀野说：“太虚大师毕竟是禅门的豪杰，他要建立新佛教，要使世人对佛教改变观念……他争政权，而放弃治权。他要争国民代表，僧人难道就不是中国的国民吗？”的确，佛教要在世间生存，就与政治脱不了干系。庙产兴学变种们的叫嚣不过是古代儒家独霸政治的老调翻新罢了。