1937年7月，日本当局图究匕首现，悍然发动了全面侵华战争。太虚终于意识到自辛亥革命以来的中国近代化建设进程将遭严重挫折，他毕生尽力的中国佛教革新事业也不可能幸免于难，悲愤无以复加：
　　心海腾宿浪，风雨逼孤灯。
　　卅载知忧世，廿年励救僧。
　　终看魔有勇，忍说佛无能。
　　掷笔三兴叹，仰天一抚膺。
　　佛教革新既已被逼得难以进展，那么索性先除魔。太虚随即发表通电《告全日本佛教徒众》、《告全国佛徒》，指出全球性大难临头，佛教徒应以各种形式迫使侵略者止凶息暴。中国佛教徒应本佛慈之旨，大体可采用三项办法勇赴国难法难：1、修持佛法，举办法会，以动员和追悼抗日将士、民众。2、在政府统一指挥下，准备奋勇护国。3、进行后勤训练，如救护伤员，收容难民，掩干埋死者，普及战地防护知识等。全国佛教徒纷纷通电响应，基本按这三项办法投入抗战。与日本佛教被纳入军国主义的战时体制不同，中国佛教徒在积极参与抗战的同时仍努力遵循佛教宗旨。如抗战爆发前后，太虚一再要求政府改僧侣军训为救护队、看护队训练，以符佛教宗旨。在他的坚持下，最后政府终于同意改一律军训为僧侣特组训练，偏重于战地救护技能。1944年，他与释精定分别向国民政府军委会军政部提出免除汉族僧人服兵役的要求，后也获批准。这与日本僧人除了随军超度战死者外，还为军方传令，为对华心理战出谋划策，甚至鼓吹士兵在战败时应切腹自杀等陋俗形成对照。当然，在日军侵占中国佛教圣地，掠夺文物，焚毁寺院的暴行激发下，沦陷区佛教徒也有方便权变，武装抗暴之举。同样，日本被迫参与侵略战争的极少数佛教徒在中国也保护了一些寺院。
　　为了加强抗战后方，1937年底，太虚曾与国民政府重庆行营主任贺国光商谈汉藏佛教与民族联络之事；1939年底，太虚建议云南芒市政府，发起组织滇边特区佛教会，联络汉傣佛教与民族。为了反对日本在沦陷区设立伪佛教组织，太虚多次发表通电、文章，呼吁中国佛教徒保持警惕。为了揭穿日本军国主义利用佛教蛊惑东南亚佛教国家，为其发动太平洋战争作准备的宣传与策动，同年太虚组成国际佛教访问团，率团出访缅甸、锡兰、印度等国家与地区，发布通电，宣称此行目的是朝拜佛教圣地，访问各国佛教领袖，联络同教感情，弘扬佛院法化，并显示中华民族与中国佛教徒正在为独立生存和公平正义而奋斗。
　　11月30日，太虚一行乘车由云南进入缅甸。次日出席腊戍各国举行的欢迎会，与大会主席宇炳沙那美双方都表示中缅佛教要相互弘传学习。12月6日，抵达当时缅甸首要都瓦城，受到缅甸二千多僧侣和万余各界人士的盛大欢迎，太虚用诗句“下山车似龙归海，迎塔僧如岫出云”形象地表达了盛况和自己的心情。在瓦城，他访问了缅甸僧王达道那。10日，抵仰光。仰光城为了欢迎太虚，万人空巷，规模远超瓦城。太虚弘法足迹遍中国，远涉欧美，阅历不谓不广，但这次的欢迎庆典对他也是空前的。中国驻缅外交官与缅甸英国官员、华侨领袖57人涌上车迎接。随即太虚下车登上花车游行，参加游行的如群众达3万多，路过观看人头踊挤，当太虚经过时多就地朝拜，何等气象？太虚在仰光，先后会见了缅甸首相、森林部和教会部部长、仰光市长、前内阁总理、总商会主席等要人，会见了中缅佛教研究会主席、大金塔东僧院和西僧院主持、缅甸第一上座阿兰陀耶、中国代表团欢迎会筹图主任邱贻厥等，作了多次演讲，朝拜了多处圣地。其中当然是大金塔印象最深，大金塔位于仰光茵雅湖附近，相传始建于公元585年，珍藏着佛陀的八根遗发。现塔高113米，塔顶装有金伞、伞上镶嵌七千余颗珍珠宝石。全塔贴有金箔千余张，重达7吨多，真是金光灿烂，表达了佛教徒对佛祖的高度崇敬（附照）。太虚抵仰光当天就来到这儿礼佛，十天后又来此瞻仰。他访问仰光的最重要成果是代表中国佛教界出席了缅甸佛教界联合召开的中缅佛学会会议，商谈了以后开展举办佛光讲演、编行中缅文佛教刊物、创设巴利文学院等活动。除仰光、瓦城外，太虚还访问了石阶山、毛淡棉、吉桃、渐东等地，给缅甸人留下了很深印象。太虚此行和释悲观率领的中国佛教国际步行宣传队的宣传工作，赢得了缅甸佛教徒对中国抗战的同情，他们曾断然拒然宣传工作，赢得了缅甸佛教徒对中国抗战的同情，他们曾断然拒绝日本诱其参加又一次东亚佛教大会之邀。缅甸广大佛教徒对中国的好感，无疑也为以后中国援缅远征军对日作战带来了便利。
　　1940年1月9日，太虚一行告别了缅甸友人，乘船赴印度。11日抵加尔各答，至2月21日赴锡兰，访问了印度的菩提伽耶、那烂陀、贝那纳斯、拘尸那、老克诺、阿克那、波保尔、瓦尔达、阿赞达石窟、爱罗拉石窟、孟买，尼泊尔的蓝毗尼（附照）、古舍卫城及祗园故址，遍礼了佛祖遗迹与佛教地，会替晤了印度民族领袖甘地、尼赫鲁等，受到印度各界、中国华侨以及英国官员的欢迎。摩诃菩提会、国际大学组织的欢迎会尤其出色，在贝那纳斯举行的欢迎尼赫鲁及太虚的游行参加者竟有十万之众；在加尔各答国际大学欢迎会上，八十高龄的泰戈尔亲任主席，太虚和泰戈尔是老朋友了，又一次相见分外亲切。在菩提伽耶，太虚专诚朝礼了纪念释伽在此成道的金刚塔（附照），并在金刚座上静坐，为国难祈祷。瞻望着塔前高耸的菩提树，东面具有长达一千八百余年历史的大菩提寺也历历在目，太虚暗暗发愿：虽然佛教就像这棵释伽在树下成道的菩提树一样几经衰落，但人们不必为此伤心，世界佛教重兴的宏大责任我们中国僧人一定当仁不让地承担！（注释：原文为：“觉树枯荣几度更，灵山寂寞倘重兴。此来不用伤迟暮，佛法宏扬本在僧。”）在与印度各界的接触中，太虚与尼赫鲁的会谈最有成效，中印两国都有悠久文明，都有如今的落后与屈辱的遭遇，因此共同语言很多。太虚说，中国近来受强邻的侵略，这也是东方文化偏于精神一端所致。但西方文化也有把人当作机器物质的偏向，所以世界战争的色机日深。尼赫鲁说，印度由于以往“看不起物质文明”被凌辱，中国也是这样。西方科学文明本应用来为人造福，现在反弄来危害世界。双方达成共识，要把科学放在道德的管制之下。为此，要加强中印文化交流，发扬东方文化。太虚提出，第一步先在佛教上佛教上取取得联络。尼赫鲁说，这可以在现有的中印学会的基础上，多设分会，交换教授与留学生，多派代表来往。目前，他很想派妇女代表团赴中国，把印度妇女对中国抗战的同情转达给中国人民。太虚回答，还希望能够向中国介绍印度近代文化，同时把中国的大乘佛法译还印度，并使印度人民了解中国人民艰苦抗战的精神。太虚的访问为滇缅公路被切断后，中印“空中通道”的打开作了铺垫；也是印度独立后中印人民好友交往的先声。