本着学理的彻底性，欧阳还认为传统的把法相唯识归为一宗的见解不确切。他认为，从涵盖面看，法相广于唯识；从创立时序看，法相先于唯识。从源流看，唐代高僧玄奘学时相于印度的戒贤，学唯识于印度的胜军。因而，法相、唯识二学相衔接但不可淆乱。太虚不同意这一说法，专写了《（欧阳）竟无居士学说质疑》）等三篇文章驳斥。太虚主张，法相唯识不可分，法相必归宗唯识。因为所谓“法相”，即有智慧的生命言论思想中反映的一切。这一万物之“相”，绝对不能成为宗派奉行的教理。法相宗的教理就是唯识，法相宗人用唯识的观点看待一切。他们用唯识的观点说明世界的概括就是“法相”。欧阳也认为，法相理论发展逐渐清微必然归结为唯识学，因此总名称为唯识比较妥善。这一场争论，欧阳主要着眼学说思想史的演变，太虚着眼于学说的内涵。论据是双方各说各的，结论却有相近处，仅名称不同而已。撇开表面争论，欧阳和太虚客观上是在争谁能取得近代显学之一——唯识学界的主导地位。
　　1927年7月，欧阳发表《论师作》一文，根据“依法不依人”的佛法原理，主张学问、道德、修行都都有相当造诣的正信居士也可以作僧人的师长，接受僧人的归依和礼敬叩拜。太虚对他的论文实质看得很真切，这就是从根本上推翻传统的唯有僧人是七众（佛教徒内的七类划分）之首的说法，居士也可以住持佛教，领导佛教界。当然，欧阳的主张在佛教史上和佛教经论中都有依据，佛教住持所在即正法所在，不管出家还是在家佛教徒，只要信奉正法，在教理不应当都能领导佛教界。古代的许多大乘菩萨都是在家佛徒，近代杨文会居士实际上也领导着佛教界。太虚对大乘菩萨极为推崇，对杨文会也很敬服。然而，太虚认为这一问题的讨论宜慎重，因为它有关律仪。他特撰《与竟无居士论作师》一文。文中认为，根据传统律仪，不但七众不遵守各自戒条是毁坏律仪，而且七众不安各自本份更是毁坏律仪。律仪是佛教的命脉，不容毁坏。在此，欧阳和太虚又是各说各的。关于真如缘起论与法相唯识非一宗等等争议，其实都与欧阳这一主张有内在联系。这一主张是欧阳渐等1913年宣言的延续和发展，是欧阳一系与太虚争论的第二个重要问题，也是关系中国佛教今后路向的敏感问题。对欧阳一系而言，如居士也可住持佛教，整个中国佛教就有可能重建。自杨文会起，就有一批居士一心一意复兴中国佛教，开头他们也对僧尼抱有希望，虚心求法。如杨文会就以自己的亲身体验说过，自从清代中期试经之例停，传戒之禁废，出家人无论贤愚，都能得到一纸度牒混日。因此他们大多对佛教的经律论豪无所知，居然作方丈开期传戒。还有，他们许多谈吐庸俗不堪，很被社会上看不起。佛法真传已无处问律……（《释氏学堂内班课程刍议》）杨文会讲得很痛心，他本人的佛学主要靠自学自修。欧阳等除了听杨文会及其邀请的谛闲法师讲的外，也主要靠自学自修。经过很多波折，他们对中国传统僧尼已经失望，因而立志靠自己复兴佛教。为什么说他们的思路是重建？因为他们从亲身经验体会到传统僧尼的靠不住，正法维系在他们身上，推倒除法相以外的一切传统宗派的教理，树立以唯识为基础的严整佛学体系，这不是重建又是什么呢？当然他们并不排斥以太虚为代表的新僧。这从支那学院邱希明（他也是杨文会弟子，欧阳与太虚的同学）1920年致太虚的信中可以看出。信中说，内院章程中“非养成出家自利为宗旨”一语，应解释为不招收培养出家人中间的唯知个人了解生死者，而不是排斥全体出家人。为了避免误会，可以改成“非养成趣寂自利之士”。这样，不管出家在家，只要他学佛动机仅为了自我解脱，内院一概不收。对太虚一系来讲，坚持由僧人住持佛教，目的在于对整个中国佛教进行改造，或如太虚所说的“整理”。传统僧尼的素质差，太虚也承认。但太虚最初想通过整理僧伽制度，改造他们中的大多数。后来行不通，又想通过培育一代新僧，由新僧渗透到传统僧尼中去，影响他们，改变他们。仍然行不通，则想通过佛教会组织以及所谓“汰除”的僧教育，即佛学基本知识考试制度，劝他们回俗。许多人都认为太虚主张的佛教改革激进，其实与欧阳的真正主张（由于环境不利，有不少内容了他也未敢明言）比较起来，还是温和的，为当时大多数僧尼着想的。可是，太虚为他们耗尽心血，“力竭声嘶，其奈如聋如哑之僧徒何？”这是他悲凉心境的亲口表露。太虚坚持佛教必须由僧伽住持也是有道理的。这道理倒不仅在律仪，律仪是教理的制度化体现，是佛陀及其继承者根据当时具体情况制定的，有许多因时因地制宜的成分。情况变了，由人制订的律仪自然也可由人改变。当然，佛陀制律仪的基本出发点是不可动摇的，佛陀制订律仪的精神至今律仪改革依然有根本指导意义。例如，出家制的根本道理在哪里呢？出家没有家庭的牵挂，用太虚的话来说，就是“无家室之私”，（《知识青年僧的出路》）更能体现“无我”法旨。无论修行还是弘法利生，都能更加专一。由出家人住持佛教，在理论上和从早期佛教传播的实路看都比在家更好。因此在律仪上就把这点固定下来。但仅从汉传佛教史看，由于中国宗法社会的长期影响和宗法制对僧团组织的渗透，有些僧人把寺院当作个人的私产，把徒弟作为自己的子孙。那么，他就也有了“我”的变相的家庭。而且如果他没有达到或接近“无我”境界，出家需要遵守的戒条对他来说几乎是严酷的。缺乏自觉性的他，其生理本能又受有些戒条的压仰，往往从表面上不违背戒律的方面泄发，使他对其“家”或个人私产的牵挂甚至追求比俗人还大。不幸的很，明清以至近代，这类僧人比比皆是。难怪被社会和在家佛教徒看不起。律仪的规定，本意都是好的，但若没有“戒体”即自觉性，一切都是虚设。同时，也不能把一切都倚靠在很难捉摸的人的自觉“心”上，合理合宜的律仪、僧制改革必须相互配套，相辅相成。相反，如果在家佛教徒真正领悟了“无我”法旨，而且能够以佛法影响家庭人员，形成佛化家庭。那么，家庭对他就不但不是拖累，而且是“增上缘”。杨文会一家就是典范，欧阳渐家庭的不幸也转成他精研佛法的动力。从这层道理讲，正信居士也能住持佛法。综上所述，欧阳的主张和太虚的主张表面相悖，实际上可以相互吸取对方的合理成分，形成更好的佛教革新思路。
　　1936年5月，太虚撰《论僧尼应参加国民大会代表选举》一文，该文实际上是太虚对一波未平，一波又起的庙产兴学的反思，他认为在近代国家中，僧尼同样享有公民权。佛教在正当权益长期靠少数人疏通政要的关节来维护不是办法。僧尼参与选举，在立法机关中取得代表席位，以维护自身利益是必要的。这回轮到欧阳坚持传统观念了。欧阳随即表态坚持反对，他掇拾经论和古代佛制，大声疾呼僧人必须遵守古制，居住必在寺院，所做必是苦行，和尚这才像个和尚。据他估计，中国内地僧尼总数约百万左右，其中懂佛法具智慧，有悲心大愿，堪任住持称作比丘的寥若晨星，最多不过几百人。他认为，经精选的这些僧人才能住持佛教，其余绝大多数全应回俗。这才是维护佛教的根本办法。这个办法不用，轻率地让这些不够格的僧尼参加选举，还说是适应时代的方便之举，方便什么呢？对国家来说，这些“游民”虽可享公民权利，但实际上并未尽公民义务，是社会的“弃民”。对佛教来说，违背教制！欧阳还挺有理的。不仅如此，他也反对僧尼参加经济与社会活动，认为僧尼参与政治、经济、社会活动“违反佛制”，都不是“方便行”，而是舍内趋外的“慕膻（羊臊味）行”。这与太虚提倡的工神农禅合一、服务人群等唱反调。欧阳这些见解，不仅本于古代佛教制度，从更深的思想渊源看，是受儒家对佛教的一贯立场的影响，这一立场就是出世（向内）是释门的本份，世间（向外）则由我儒生独占，不容僧尼染指。欧阳晚年虽然坚持佛法是全体学，统摄出世入世；儒学是部分学，其长处在治世。但有转而认为当务之急是儒学的发扬光大的倾向，对康有为、梁漱溟佛法高明，但尚不适用当世的调门略有认同。他逝世前二月所作的《覆蒙文通书》中认为，弘扬儒学以救世正人心有三要：第一、道定于一尊。第二、儒学根本在“仁”和“礼”。第三、研究儒学的方法要变革，要扬孟（子）抑荀，以《易经》融合佛学。在那个时代，即使五四推倒孔家店的健将，骨子里也深受儒学的浸染。欧阳的见解并不令人惊讶，只是他与太虚晚年对待儒学的思想趋向正好相反。熊十力出于欧阳门下，著《新唯识论》，以《易经》为核心弃佛归儒。这与欧阳的思想在内有联系。尽管熊十力受到欧阳及其门下的挟击，太虚在一边却冷眼旁观，还讥讽欧阳“有知人之智而无自知之明”。