《整理僧伽制度论》初刊后，在僧众中反响不大。当时大多数僧人对此对国际办局势均漠不关心，太虚深感全国僧制改革缺乏实现的基础，故必须对该论中设想的具体步聚重新作出调整。1920年，俄国的十月革命影响及于中国，“劳工神圣”的口号风行一时。僧尼不事生产，寄食社会一向为人诟病，太虚感到不妨借此机会，宣传劳动光荣，使僧人改变以前传统的靠化缘和经忏谋生的习惯，从事生产劳动，自食其力。因此，他决定停止《整理僧伽制度论》在《海潮音》上的继续刊发，并相继发表《人工与佛学之新僧化》、《唐代禅宗与社会思潮》等文章，试图以复古为创新，极力发扬唐代百丈禅师“一日不作，一日不食”的遗风，诱导众僧“务人工以安色身……修佛学以严法身”自觉适应时代发展的需要。当然，这并不是对古代农禅遗风的简单恢复，更是为佛教适应现代工商业社会需要而发掘光大优良传统。
　　太虚认为，僧人要在未来社会中生存，就必须自食其力；寺院要在未来社会中生存，就必须实行僧自治。太虚此时提倡的僧自治包括内外两方面：对外，必须摈绝外力的挠乱，诸如官府摧残，地痞欺压；对内则寺院应整顿，根除自身腐败。此时太虚似乎是从那时社会上议论得很热烈的“联省自治”得到启发，马上就利用“自治”口号来为实现自己的理想的主干——改革僧制服务。他认为取得居士的支持固然重要，但在建立革新僧团，推行全国僧制改革行不通的情况下，还可以从整顿僧寺内部中入手。这一方面可以提高僧侣素质，使之成为佛教改革的核心骨干；同时也可以建立模范道场，改善寺院形像，赢得更多人的关心和支持。总之，应该使僧伽佛教与居士佛教相互促进，形成良性循环。
　　不久机会就来了。1921年3月，杭州西湖净慈寺来请太虚出任住持。净慈寺院历史极为悠久的禅宗寺院，其开山祖五代时的延寿禅师倡导禅净双修，还有宋代流公和尚曾住此地都使该寺名闻遐迩。太虚能入主其中，也可谓是因缘巧合。原来净慈寺的前住持鸿定管理下，已负债累累，加上其他一些原因，终致无法维持。恰好在寺中闭关的释因原与副寺（注释：“副寺”：亦称“库头”、“掌财”等，佛教僧职，禅宗寺院东序六知事之一，掌钱财进出。）释如惺皆为已故华山法师后辈，对太虚景仰已久，便建议鸿定请近来名声大著的太虚接任住持，走投无路的鸿定只得应允。对太虚来讲，入主净慈寺正可藉此实现自己多年的理想，而净慈寺的面临的债务问题亦不难解决。净慈寺面对南屏山，属秀丽的杭州西湖景区，西湖十景之一“南屏晚钟”，就是站在南屏山顶，令人顿生脱凡忘俗之想。该寺离杭州繁华市区也不远，历来游人如织。如此宝地，竟会负债累累，都是给鸿定抽鸦片及有些僧人上行下效，享乐腐化搞坏了名声。故只要严格管理得法，自可吸引善男信女，尤其官绅富商前来晋香护持，集资还债，当不算难。况且拥戴太虚的各地居士中不乏财力丰厚者，关键时候必会相助。于是，太虚在与鸿定等人磋商后，于当月即进寺院。
　 根据事先的商定，太虚进寺继承的是寺中已故住持雪舟老和尚的法统，与鸿定为法兄弟。进院这天，由慧明法师代宣法卷，而仁绅汪曼锋与邻近者住持等都到场证明，以示法承正统，同时担负交债务1500余元。太虚进院时，先用其师祖奘年及弟子大慈等暂时挪借的四五万千元偿还了部分债务，其余则转改存据，以后陆续清还。
　　太虚进院后，为对寺庙进行全面整改，首先对寺院职事进行了调整，一些重要位置都安排了可靠人员掌管，如由如惺担任库房监院，掌握全寺财政收支；客堂特请多年至交玉皇为知众，因原等人则为知客、纠察、书记等，太虚本人亲自督查。
　　在顺利控制寺院后，太虚便按事先设想对原净慈寺各种弊端进行了全面整顿：首先是严禁僧众吸食鸦片。近代以来，西方靠可耻的鸦片贸易牟利，毒害了千千万万中国人。不仅榨干了他们的钱财，而且吮吸着他们的血液——抽鸦片的人形貌枯萎，四肢无力；毒化着他们的精神——为了吸毒，什么坏事都能干出来。因而，这种人虽然也是受害者，但在社会上就极大危害社会，在佛门就极大危害佛教。人们恐怕想不到，戒酒戒肉食的出家僧从竟然有的不戒毒，由此可见传统戒律也非适应时代不可。作为当时佛门种种弊端的缩影，仅在净慈寺吸毒者就有5人之多，原住持鸿定亦是其中之一。僧人吸食鸦片，不但害己，对佛教在社会公众中的形象损害尤大，以至有人以寺院为藏污纳垢之所。为此，太虚规定，寺中吸食鸦片者，一概搬入永时塔院或寺外居住，限期戒除，否则遣单出寺。
　　其次，太虚下令拆除各处寮口私设的小灶。出家僧人，统一在饭堂就餐，本是丛林清规所定。但当时该寺僧人，大都私造小灶，自备饮食，甚至偷食荤腥。这不仅违规，且易使各寮竞相攀比享受，拉帮结派，矛盾丛生。为此太虚把各处小灶统统拆除，只留斋堂后的大厨房及库房边的小厨房，由寺内统管僧人饮食。
　　其三，为重塑良好形象，太虚还非常得寺庙基本建设。他重修了《济公传》传说中济公在此大显神通，把修建寺院所需的木材通进井里运送的“运木井”及纪念这位专仗义助人，打抱不平的和尚的济公殿。同时布置了陈列列普遍佛学书报的阅览室，并派专人管理，以向来客作通俗宣传；对各处招待斋主、香客、来宾的房屋，亦重加整饰，使其更加清洁卫生；对大殿佛像亦重塑金身，以显庄严慈祥；并将安住僧众的禅堂改为角虎堂，令全体僧众每天香三支及朝暮课诵二小时，以发扬净慈寺开山祖永明延寿的禅净双修宗旨。
　　在太虚大张旗鼓的整顿下，净慈寺很快重现生机。到了这年春、夏期间，寺中香火旺盛，几乎可以和著名的灵隐寺并驾齐驱。不久，著名盐商周湘令到寺中作水陆法会后，发起修建钟楼，这时，太虚进驻寺内仅半年，常住的收入已将债务偿还近十分之三四。如此显著的成就使太虚本人也深受鼓舞，在寺院管理运作逐渐步入正常轨道后，太虚紧接着展开更进一步的改革，也就是把对寺僧的改造从外在的整顿推向内在素质的提高。从夏天开始，太虚定期在斋堂公开宣讲佛法，以提高僧人佛学修养。同时积极筹设永明学舍，以培养弘法僧才，并已购置黑板桌椅，撰写学舍章程，以备秋季开学时用。一切似乎都显得那么顺利，一切似乎都是水到渠成。太虚甚至感觉现实正在向他的理想一步步靠近，光明就在眼前了吗？
　　然而，正所谓止水又掀波澜，平地骤起风浪，就在太虚为实现自己的理想而努力，并已取得初步成效的进修，一起意想不到的诉讼降临了。杭州白衣寺慧安为首，一批诸山住持联名向官府控告了太虚。原来太虚接任净慈寺住持后，其大力推行的整改措施，在很大程度上损害了杭州佛教守旧势力的既得利益，因而自然遭到各方面的暗中嫉恨，首当其冲的便是原住持鸿定。鸿定虽使净慈寺败落，加上自己又染上鸦片瘾，在万般无奈　下将权力移交太虚，但毕竟是寺中元老，前任住持，况与太虚又有法兄弟之称，因而原指望由寺院赡养，享受优厚生活待遇，颐养天年。孰料太虚进寺整顿，首先危及其利益。他虽在净慈寺仍拥有3间小洋房作为退居寮。但因吸食鸦片，也不得不迁到寺外居住。以其原有身份，以讲究论资排辈的传统眼光看来，岂能沦落到如此地步？自然对太虚心怀不满，一旦寻到机会就会发作。鸿定的不满，其实已有人看在眼里，那就是温州僧人又度。他自1917年起，就想依附太虚，在太虚身边来来去去达四五年之久。而太虚其因不学无术，不求上进，就没有给他面子，并遣其去灵隐寺等地参学。不久，又度得知太虚接任净慈寺住持，便又来找太虚以求一职事，当即遭太虚严词拒绝。为此，又度怀恨在心，竟挑动鸿定诬告太虚。