5月11日是释迦牟尼诞生2950周年纪念日，武汉各界举行了盛大的纪念活动。武院全体师生出进行街头演讲，太虚在中华大学的纪念大会上讲了“纪念佛诞的意义”，皈依者又有数千人。连续三天来，参加活动的总人数达到十万以上，又一次显示了武汉佛教的盛况。
　　但是，1923年下半年，佛学院的情况起一些变故。由于学生入学时程度不一，给学院教学带来了一定困难。英文教学败乎彻底失败，日文由史一如等教了一段时间，也只有六七人勉强能跟上。即使国文，也有相当数量学生跟不上进度，只能另设一个低浅的班，由佛学院学生程圣功加授国文。为此学校不得不淘汰了一些学生，加上有的自动退学，使学生规模基本维持在60人左右。而佛学院的教学、管理人员也多有变化。先是跟随太虚多年、维持净慈寺甚力并且担任佛学院监院的智信不幸病故，而竹林、玉皇也相继离职他去。在1923年夏天，佛学院的教学骨干史一如也因病离职去上海治病，不久逝世。而且由于在具体管理方面的初次操作，缺乏经验，以致使许多事务处理不当。学生与教员、学监之间时有摩擦，甚至佛学院教员空也竟被学生轰走。而学监也是一换再换，先是太虚弟子大觉，又改由陈元白介绍来的释松林担任，最后改由释能守担任，仍难使人满意。
　　面对这些始料不及的意外情况，太虚深感仅仅以传统的禅林训练方法来管理近代佛学院很难达到预期效果。为此他决定缩短学制，所原订的三年毕业改为二年毕业。按原计划，第二学年主要讲授法相唯识学，第三学年的课程则以《法华》、《华严》等经和台、贤、禅、净、密、律等中国佛教主要宗派教义的课程大为减少，与唯识学课程配合一起讲授。因而第三学期的实际课程情况是太虚主要讲《成唯识论》；在天台宗方面，则讲了《教观纲宗》；关于禅宗，则编了一本《古潭空月》；先前代太虚赴陕西讲学的华严大学讲师妙阔，回来后被加聘讲授《贤首五教仪》；张化声讲“西洋哲学”及未完的《中论》；唐大圆则续讲“中国哲学”，并代太虚讲《解深密经》；陈济博教日文，并译讲未完的《印度六派哲学》和《中国佛教史》；国文也有人代张化声上。
　　最后一个学期，由太虚续讲《成唯识论》，并讲关于净土的《弥勒上生经》和《阿弥陀经》，还编了《慈宗三要》。关于戒律，太虚讲了《瑜伽菩萨戒》，并参照陈济博所译日文著作，编了各地佛教史；妙阔专讲《楞伽经》；张化声、唐大圆及国文老师仍续上前一学期的课；此时赴日本学密的太虚弟子大勇已归来，也到佛学院传授密法，讲《密宗纲要》。纵观武院第一届学生的课程设置，整个来说还有一定系统性。
　　到1924年夏天，武昌佛学院的第一届学员终于毕业了。署假前专门举行了毕业典礼，并在60名毕业生中选取20名成绩优异的留在院内继续深造，其余的则各回原地。
　　从佛学院第一届办学运作情况来看，不难发现武昌佛学院的办学实践初步体现了太虚的僧教育思想，即走传统与现代相结合的道路，以传统的佛学理论为根本，借鉴吸收中内外近代僧教育的成功经验，以培养出具有现代意识的能够推动佛教复兴事业的僧才。具体而言，国外主要是太虚考察日本时，对日本现代僧教育成功经验的实步吸收。国内则主要是中国现代佛教育的先驱，其佛教育理念的集中体现——祗洹精舍则是中国新式佛教教育的典范，其教学实践，对曾在其中求学的太虚来说，无疑有极深刻的影响：
　　首先是培养目标，早在祗洹精舍成立前，一些寺院就有属于僧教育范畴的讲经活动，但都限于专宗专派，而祗洹精舍的开办是为振兴佛教，其教学特征已经借鉴日本在华开办的东文学堂的经验，课程涉及佛教典籍，大、小乘各种经论，而不局限一宗一派。这对传统僧教育是一大突破。而武昌佛学院在这一点无疑继承了祗洹精舍的传统。因而武昌佛学院和祗洹精舍一样，学生僧俗兼收，而在课程设置上，也打破了守派局限，极力融通佛教各宗，使学生对佛学产生整体认识，再以性情所近，深造一宗。这样即事半功倍，又不失专长，将来如分振各宗，也能相互协调，而最终也能达到复兴整个佛教的目的。
　　其次是教学内容，祗洹精舍是为了培养近代佛学人才，以适应时代发展需要，因此在教学上，除了学习佛教经典外，还兼习世俗学术文化，如国文、历史、地理等，还有外语果，包括英、日文。而武昌佛学院在这方面也与祗洹精舍一脉相承，在世俗学术方面，开设的课程包括历史学、哲学、宗教学，后来还开设过伦理学、心理学、生物学等，而语言方面也有英、日、梵、藏文等，所涉及的领域比祗洹精舍更全面，也更合理。
　　此外在学院管理上，祗洹精舍强调学生不仅要精通教义，还须观行相应，就是说学佛不能仅停留在知解上，更要注意修行证真。这一原则被武昌佛学院进一步发展。太虚对武院的管理主要依据禅林规范，学生除日常听课外，还必须每天朝课暮诵，并有一定时间打坐参禅，也可谓知解与修行并重。
　　当然，武昌佛学院并不是对祗洹精舍的简单继承，有些方面甚至超越了祗洹精舍。杨文会办祗洹精舍，根本目的是造就佛学志师，以开办佛教学堂。而太虚的武院第一期虽也是造就佛教教师范人才，然而更进一步的是，太虚能自觉适应当时社会发展变化及公众的宗教需求，要求学僧既会办新式僧教育，又要致力僧伽制度整理，改变僧寺保守落后局面；同时注重培养社会弘法人才，要求在家佛教徒要组织正信会，致力于在社会（人间）上推广、弘扬佛法。应该说，太虚突破了杨文会的时代局限，其着眼点比杨文会更高。
　　尽管武昌佛学院内部问题逐渐暴露，但它与同时代的佛学教育机构相比，无疑处于领先地位。它是太虚实现自己宏大理想的一个有效的实践基地，它的成功创办与初步运作，标志着太虚的事业发展进入了一个前所未有的高峰时期。佛学院的学生在太虚指导下，深刻理解并积极支持太虚的佛教复兴事业，并成为其积极追随者。正如孙中山的黄埔军校培养了整整一代革命军人一样，太虚创办的武昌佛学院作为“新佛教的黄埔”，也培养了整整一代新僧，他们像火种一样撒向全国各地，为推进中国佛教的近代化发挥着积极的作用。