太虚在闭关时，白天读书写作或与来访友人晤谈。而到晚上，则专事参禅打坐。每当夜幕降临，普陀山更加宁静，独处闪房的太虚更觉心平气和。万籁俱寂中，每每想起自己昔年在西方寺阅藏时所参悟的神境，不由不端正身形，盘腿打坐，在一种空静的感觉中，企图再度领悟当年在西方寺所获的那种神奇的愉悦感觉。就在太虚入关后不久的一个晚上，像往常一样，太虚静静地坐在蒲团之上，调匀呼吸，渐渐地感到心定神凝，心神合一。不知过了多久，突然间远处传来一声钟响，太虚乍闻之下顿觉心中一片茫然，仿佛心智在刹那间被阴断一般，再也感觉不到自身的存在，自己已与这茫茫宇宙融为一体，“身即宇宙，宇宙即身。”脑海里混沌与清晰交替出现，如忘忽记，如睡忽觉，心神皆忘。“等到心中感觉再度明朗，则周围音光明圆无际，从泯灭内外能所中，渐现能所、内外、远近、久暂，回复根身座舍的原状。”（注释：此为太虚原话：见《自传》，其意大略为，他个人心境与整个宇宙融为一体，已不能区别自己是谁（能），在哪里（所）？以及内外远近等等，“根身”即指“能”、“座舍”即指“所”。）此时再度听到远处钟声，意是前寺传来的晨钟。原来不知不觉中，在这种直觉观照人生和宇宙所体会到的“刹那永恒”中已度过了整整一夜。回想起心空际断，心再觉而渐显身器的神奇感觉。意与《起信》、《楞严》中描述的完全一致，而悟境精深，更甚西方寺阅藏之时。
　　1916年，太虚在阅览《唯识述记》中“假智诠不得自相”一章时，再次开悟，对于诸法离言自相，真觉无量情器，一一尘根识法，都洞悉了其中始终条理；对深蕴其中的精微严密，森然秩序，有了明彻的体认。这次大悟，远远超越了以前所悟的空灵幻化，及从不觉而觉，自心渐现身器的境界。从此，太虚真不离俗，俗皆彻真，入世与出世打成一片。其理论风格，亦为之一变，而其言辩文笔中所表现出的幽思风发、妙义泉源，决非逞辩纵笔者所能企及。太虚在其所作诗文中曾有“死时二十有八岁”之句，可见此番悟境对太虚而言，实有彻底脱胎换骨，精神、肉体再获新生之感。
　　第二年，也就是1917年，太虚闭关结束后，应邀赴台湾，日本弘法。在赴日的轮渡中，太虚亦坚持坐禅。每当夜深人静，太虚便独自一人，勤修禅定功夫。他端身正生，摈除杂念，澄心静虑使自己沉浸在身心俱忘的至高禅境之中。太虚一向主张兼弘大乘八宗，因而其于佛法，绝不拘泥一家一宗。而于法相，天台、华严、净土诸学皆有深造，然其佛学根本却源于禅。他早年转承诸师，其中不乏禅门高僧，耳濡目染，于禅学渐有所悟。18岁时在西方寺阅藏，便是顿悟禅境；26岁闭关普陀时，再次开悟，于禅学造诣愈发精进。此后几十年时间里，太虚对禅定功夫，一如吃饭、睡觉一样，每日必行，不尝少废。而基一生佛学思想亦与禅宗渊源颇深。
　　太虚之所以要进普陀闭关，是为了要对中国社会尤其是佛教界现状进行理性思考，对自己的佛教改革理论作出相应调整，从以往的失败中总结经验、教训，以使自己所倡导的佛教改革能更加适应社会发展的需要，以便在实路中得以顺利推行。因此，在闭关期间，太虚费时最多，用力最勤的是读书写作。远离了尘世的纷扰，使太虚有时间和精力对携十几箱书籍逐一披阅。初进关时，太虚主要重温先前过的台、贤、禅、净各宗的撰集，像《法华玄义》、《摩诃止观》、《佛祖统纪》、《华严玄谈》及《五灶会元》、《弥勒疏钞》等，而对融通台、贤、禅宗的《大乘起信论》、《楞严经》等，尤为留意，并从中领悟到中国佛学的纲要。而以前带到普陀的频伽版藏经因字小行长，小便阅读，因而仅作参考之用。好在前寺藏经阁中有明朝和清朝两个版本的大藏经，可随时借阅。
　　除观佛学书籍，太虚每日亦留有一定时间专门翻阅带来的各种新旧学书。先是《民国经世文编》以及当时各种有关教育思潮的论说引起了太虚的兴趣。随后，太虚又将严复翻译的各书《天演论》、《群学疑言》、《原富》、《法意》等以及其他哲学、论理学、心理学方面的译著一一重读、细读，而对梁启超的《饮冰室合集》、章太炎《章氏丛书》及《墨子》、《荀子》、《阴阳集》、《日知录》等，无不重新精读，对其余的经、史、子、集等各类文字亦多有涉猎。其中，让太虚最感倾心的是章太炎的文字，因为章太炎也大力揭露佛门诸弊，还最早提出佛教改革，推崇禅宗的“依自不依他”。太虚的思想、文笔此前受谭嗣同、梁启超影响；此后则受章太炎、严复的影响更深。闭关期间在思想上，章太炎的佛教改革思路使太虚深受启发，太虚自身的佛学，尤其是禅学根基，则成为其改革主张的源头。在文笔上，太虚也由模仿而进至自运相杼而随时变化，巧用文字而不为文字所拘，博采众长，自成风格。
　　在太虚关中所撰写的著作中，较早完成的是写于1915年初的《佛法导论》，全书众七个方面论述了太虚当时对佛学的看法，他认为小乘佛教：“了生死为因，离贪爱为根本，灭尽究竟。”而大乘佛教则以“菩提心为因，大慈悲为根本，（进）方便为究竟。”两者之间，“小乘是大乘之方便行”，后世人师，“无宁先令悟菩提心。”此外，太虚还从佛法与人世间的关系、佛法与中国的关系、中国佛教整建与发扬待方面全面阐述了他的佛法概观。其核心是使佛法适应今世，也就是说佛教的发展要适应时代潮流而使其呈现本有顽强生命力。在这年秋天，了余法师曾将《佛法导论》印成小册子，送人阅览，引起了较大的反响，太虚挚友昱山就对此赞叹不已。昱山在普陀山闭关后，每日只是端坐参禅，而将以前看过的经书及语录等都束之高阁，一意想在禅修中印主下无上悟境。当时印光法师对一些著名禅师如冶开等，常有非议；对杨文会、谛闲等人亦不无闲言，时常劝解众人归崇净土。而昱山与印光曾数次争论，但其修行精深终使印光心折，叹服昱山为当世仅见的（禅）宗通，使昱山一时在佛教界也颇有名声。昱山因与太虚在西方寺一同阅藏结下友谊，在与太虚的多年交往中亦对太虚时有鞭策，不曾轻许。然而昱而在1916年春出关时，见到太虚所著《佛法导论》，研读之下不禁叹道：“还是老兄造诣深啊。”
　　此后，太虚又相继写了《教育新见》、《哲学正观》、《辩严译》、《论询子》、《论周易》、《百法明门论的宇宙观》等论文。这些文章大都是用佛教理论衡量其他学说，而别的学说中涉及佛法的，太虚也析其偏邪，诱摄世俗学得归向佛教。如太虚曾用《圆觉经》的“四相”论哲学的优劣，用“十二缘起说”衡量进化论，用“唯识论”评判荀子等。而在《教育新见》一文中，太虚主张立相对的个人主义，以“养成人人皆为自由人，使就其各个人之相对者，化合之而能经营其自由业”为教育鹄的，揭示“大同世界圆满生活之教育”充分休现了太虚融合社会主义、自由主义与佛法的思想。初夏的时候，许良弼到普陀山拜访太虚，将其所作《辩严译》各篇，收集整理，取名《严译小辩》，刊印流通。该书出版后，亦引起较大反响，许多人阅后纷纷致书太虚，对其深表称叹。在普陀山闭关期间太虚最大的确良理论收获，应是他从根本上吃透了佛法的缘起论，所有这些及以后的他对世俗学说的评论和反应，都是他随时随地灵活运用缘起论世界观的表现。