1915年冬天，太虚审时度势，在痛恨北京政府公布的《管理寺庙条例》对佛教侵害的同时，感到佛教革新虽然顺应时代潮流，应当坚持不懈；然而，近几年来，中国社会形势已有重大改变，因而原先的佛教革命主张亦当适应社会的实际需要，依据佛制加以适时改变，从而更好地体现其“志在整兴佛教僧会，行在瑜伽菩萨戒本”的大愿。为此，太虚首先根据中国佛教的教宗、教制、教史的演化，分析了佛门种种弊端的由来，撰成《震旦佛教衰落原因论》，该文把中国佛教衰落的原因归结为外部的专制政治高压和儒家文化统制，内部的戒律松驰和义理沦丧，还有更为根本的信仰薄弱，得出古代僧伽体制中的某些制度已难以适应近代社会的结论。
　　然后，他浏览了诸部广律、律论及自唐迄明各代高僧关于戒律的解脱，总结了律制变化和改进中带有规律性的内容。在此基础上，精心撰写了《整理僧伽制度论》，全书共分四大部分：
　　1、“僧依品”。该品论证了佛教要坚持以僧伽为主体，即依僧建立。他认为在家、出家佛教徒之间有着相互依赖关系，即所谓“非舍俗为僧者，不足证法身，延慧命；非信僧居俗者，不足以资道业，利民生。”清末以来，居士佛教具有了独立倾向，一大批第一流的知识分子如杨文会、章太炎、康有为、梁启超、谭嗣同等人，都对佛学作出了重大阐发。相映之下，僧伽的贡献偏少，其主导权有旁落的危险。而根据僧制，僧伽又应为住持佛法的主体。因此太虚为了推进佛教改革，一方面要最广泛的联络在家佛徒，一方面则致力于提高僧伽地位，其前提是对僧众严加训范，以佛法为修习中心，旁及近代的思想学说，使承当宏扬佛法主体的僧众，养成高尚、优美的品德和完美的学识，以菩萨入世的精神去觉世救人。这是该书论述的主题。太虚当时因条件所限，无法得知全国僧伽的确切数目，只能凭想像估算，他以中国本部4亿人口，每个人中有二人出家计算，得出中国本部僧伽80万之数，在家信众则当在数百万以上。他参照章太炎的《建立宗教论》，拟区别全体佛教徒为住持部、信众部两部分别进行整理。自然，这两部分的制度也有差别。
　　2、“宗依品”。所谓宗依，即指宗派的教义有所不同，制度当也允许有所差别。他认为，既然僧伽为中国本部所出，则教理不出隋唐以来八宗，即华严宗、法华（天台）宗、三论宗、唯识宗、净土宗、密宗、禅宗、律宗，其中禅宗、密宗传授要重视自印度以来的师承渊源，防止自凭胸臆。其余各宗一依经论，不必亲承。这些说法源于杨文会而有所修证。“此之八宗，皆实非权，皆圆非偏，皆妙非粗，”因为他们皆出于究竟菩提，皆出于同一佛乘。大乘八宗，各有特胜而无不究竟，应不分门户之见，以大乘入世思想融贯各宗。
　　3、“整理制度品”。太虚按中国行政旧制，即国、省、道、县四级，假定四乡为一县，十六县为一道，四道为一省，全国则为十八省，依此与置布教所，在国教设佛教本部总机关，省县各设分支机构，道区则设八宗寺，为各宗的专修学处，亦即培养僧材之所，并另设医院，仁婴院、慈儿院等公益机构。这是借鉴天教的教区制。此外，对教团、教籍、教产、教规等亦各有规定，如在教产方面，分公有之分配与私有之限制；教规中，“历制”主张采用农历，“衣制”主张袍衫如旧，在僧人仪表上倾向保守。实际上太虚的主张是改革不拘表面，应注重实质转换，不妨在形式上让步。
　　4、“筹备进行品”。太虚认为，要达到革新目的，必须上得政府承认，下得僧众自愿，实行起来实属不易。因此要筹备圆满，等时机成熟，方可实施，决不可卤莽从事。太虚计划分三期推行，每期5年，总共15年。第一期先建立僧团机关，提高僧教育水平，培养僧材。在社会上则联合倾向佛教的人士，设佛学研究社；吸收信佛士女参加，建成通俗宣讲团。第二期则由全国有学识的僧人发起，联合佛学研究社与通俗宣讲团，设立各级“正信会”，要求北洋政府取消《寺庙管理条例》，承认以政教分离为原则的佛教建立暂行大纲。若此为妥，则开始整理僧伽内部，共分七项，其中如改组教务会议，成立行教院，为佛教住持僧机关。县以上的僧众会议，同由行教院临时召集。这是太虚打算由上而下推行佛教改革的体现。又规定设专门佛教基金团，发行30年偿还的债券，向僧人有正信佛教徒募集，以此专生利息，作为建佛法僧园，办银行及工厂的资本，含有让僧尼参与工商业，自食其力内涵。这是回应社会对佛教仅消耗社会财富的非议。还要办通学精舍（佛教大学）与专科精舍（佛学院），分医学、欧文、梵文三专科，等等。在第三期时，则以前两期为基础，逐渐扩大，除触犯民、刑法者及财产缴积外，其余交涉，则由佛教正信会等组织与政府沟通办理，而一般僧尼以住持僧为主干，实行政教分离。筹备期满，则建僧完成。
　　太虚的《整理僧伽制度论》一书，集中体现了太虚一生从事僧制改革的理念，此后的各项改革意见，皆以此为基础衍变而成，虽然具体实施与设想差异颇大，但就精神和思想而言，则为一脉相承，而其对“佛法僧园”的伟大构想，实为中国佛教史上的理想国，古老的佛教以现代思想面出现的新姿态。在其中设立工厂、银行等计划，尤显示了太虚的思想超越时代的光芒。后来他在《峨山僧自治刍议》中又进一步丰富了这一构想，包括兴办农林、制造、建筑等实业，设立商业供锁合作社，开展教化、灾病救济、文物展览，甚至科学研究等活动。
　　与此同时也不得不看到，由于各种条件的限制，太虚在普陀山关房里作出的对佛教改革的思考，其可行性难免纸上谈兵之嫌。太虚对中国僧众及寺立的估计也不符合当实际。印顺认为，其上不征此“五天”（印度原始佛教及其宇宙观），则其源塞；下不调查各地情况，则其流隘。（《太虚法师年谱》）尤其是“政教分离”，宗教信仰自由虽然是现代国家的通例，但在当时中国尚难以实现！此前提不具备，一切空谈。但无论如何，太虚革新佛教，弘场佛法的良苦用心，其建立全国性教会的宏大心愿以及建僧计划的心思细密，都显示了他在古老佛教思想的开拓上，已远远超越了他同时代人。其理性思维的前瞻性不容否认！何况随局势变化，太虚还在不断调正自己的思路以适应现实。
　　同时，太虚又作了《人乘正法论》，作为《整理僧伽制度论》的姐妹篇。该文主要配合重在出家人的僧制整理，强调以佛化道德规范在家信众，使在家信徒从自己奉行五戒十善做起，净化人生，向着菩萨境界行进，并以此深入影响民间，从而起到改良社会、政治、风俗的目的。该文还提出以佛教天信会统摄在家信众，建立由僧人指导的近代居士组织。从该文可以看出，人间佛教的雏形已在酝酿之中。